Destylarnia Laphroaig położona jest na południowym brzegu wyspy Islay, pomiędzy Port Ellen a Lagavulin. Jej nazwa tłumaczona jest jako „piękna kotlina nad szeroką zatoką”. Historia powstania gorzelni sięga roku 1815, kiedy to dwaj bracia Donald i Alexander Johnston wydzierżawili od dziedzica Islay 1000 akrów ziemi na potrzeby hodowli bydła oraz rozpoczęcie destylacji whisky. Decyzję o rejestracji własnej firmy podjęli jednak dopiero 11 lat później.
W 1836 roku Donald odkupił udziały brata i rozpoczął samodzielne prowadzenie interesu. Właściciel gorzelni zginął w 1847 roku w zagadkowych okolicznościach. Najprawdopodobniej wpadł do kadzi z whisky. Gorzelnię przejęli wówczas jego wuj John Johnston oraz lokalny farmer Peter McIntyre, a następnie syn Donalda – Dougald.
W 1836 roku Donald odkupił udziały brata i rozpoczął samodzielne prowadzenie interesu. Właściciel gorzelni zginął w 1847 roku w zagadkowych okolicznościach. Najprawdopodobniej wpadł do kadzi z whisky. Gorzelnię przejęli wówczas jego wuj John Johnston oraz lokalny farmer Peter McIntyre, a następnie syn Donalda – Dougald.
W tamtych czasach destylat z Laphroaig był bardzo pożądany wśród producentów „blendów”. Przede wszystkim ze względu na swój zdecydowany, dymny i torfowy aromat. Głównym odbiorcą spirytusu była firma Mackie & Co – właściciel sąsiedniej gorzelni Lagavulin. Prawie połowa produkcji z Laphroaig wykorzystywana była do tworzenia mieszanek z whisky zbożową, co stanowiło dla rodziny Johnstonów dość duży problem - znacznie ograniczało szansę na podbój rynku przez ich „malt whisky”. Dlatego też w końcu zdecydowano się na wypowiedzenie niekorzystnej umowy handlowej, a sprawą musiał zająć się sąd.
W odwecie, Mackie w 1907 roku odciął destylarni dopływ wody ze źródła, które wówczas było wspólne dla obu zakładów. Ponownie musiał interweniować organ wymiaru sprawiedliwości i ponownie przyznał rację Johnstonom. Rok później zdesperowany Mackie postanowił założyć gorzelnię Malt Mill, która miała być wierną kopią Laphroaiga. Mimo wielu starań nie udało się jednak osiągnąć założonego celu (patrz Lagavulin).
W 1921 roku zarządzanie zakładem przejął Ian Hunter – kuzyn Dougalda, który podjął decyzję o jego rewitalizacji oraz rozbudowie. Podobno był on pionierem wykorzystania w dojrzewaniu whisky beczek po amerykańskim bourbonie. W międzyczasie rodzinie Johnstonów wygasła umowa dzierżawy terenu na którym znajdowała się ich gorzelnia. Fakt ten od razu wykorzystała firma Mackie & Co, która podjęła próby przejęcia destylarni. Mimo złożenia korzystniejszych ofert nie udało się ostatecznie przelicytować Johnstonów, a właściciele ziemi zgodzili się w końcu sprzedać majątek dotychczasowym gorzelnikom.
Umożliwiło to dalszy rozwój destylarni, podwojenie mocy produkcyjnych oraz zwiększenie eksportu za granicę. Ciekawostką jest to, że Laphroaig jako jedyna whisky była eksportowana wtedy do objętych prohibicją Stanów Zjednoczonych. Udało się to osiągnąć dzięki przekonaniu urzędników celnych, że zapach jodyny pochodzący z Laphroaiga świadczy o jego medycznych właściwościach. Władze uznały, że whisky ta nie nadaje się do picia jako napój alkoholowy. Dostępna była w związku z tym w aptekach jako środek wspomagający trawienie.
Destylarnia znajdowała się w posiadaniu rodziny Johnstonów do 1954 roku, kiedy to bezpotomnie zmarł Ian Hunter. Zarządzanie destylarnią oraz wszystkie znane mu sekrety gorzelnictwa przekazał swojej sekretarce Bessie Williamson. Do kontynuacji dalszego rozwoju gorzelnia potrzebowała jednak wsparcia międzynarodowej firmy. W latach 60. destylarnię nabyło szkockie Long John International. W 1990 roku gorzelnię przejął koncern Allied Domecq, a w 2005 roku właścicielem marki stał się Fortune Brands.
Od 2011 roku Laphroaig należy do grupy Beam Suntory Inc.