Bowmore jest najstarszą działającą gorzelnią na Islay i drugą najstarszą w Szkocji. Destylarnia została założona w 1779 roku przez lokalnego kupca Johna Simpsona na południowo-zachodnim brzegu zatoki Loch Indaal. Kolejnym właścicielem destylarni był konsul Portugalii i Brazylii w Glasgow - James Mutter, który wraz z bratem Williamem zarządzał gorzelnią do 1925 roku. Posiadali oni własny parowiec, którym transportowali jęczmień i węgiel na wyspę oraz wyprodukowaną później whisky do Glasgow.
W 2007 roku butelkę Bowmore z 1850 roku, będącą w posiadaniu rodziny Mutter przez pokolenia, sprzedano na aukcji za rekordową wówczas cenę 29 400 funtów.
W 2007 roku butelkę Bowmore z 1850 roku, będącą w posiadaniu rodziny Mutter przez pokolenia, sprzedano na aukcji za rekordową wówczas cenę 29 400 funtów.
Przez następne 38 lat destylarnia dwukrotnie zmieniała właścicieli, a w czasie II Wojny Światowej została zamknięta i służyła jako baza dowództwa obrony wybrzeża. Przełomowym momentem dla Bowmore był rok 1963. Wtedy też gorzelnia stała się własnością firmy Stanley P. Morrison Ltd. Morrison rozbudował i zmodernizował destylarnię. Zwiększył liczbę alembików do czterech, zbudował „visitor centre”, zachował jednak tradycyjną podłogę do słodowania jęczmienia. W 1994 roku całkowitą kontrolę nad firmą Morrisona – Morrison Bowmore Distillers Ltd. przejął japoński koncern Suntory.