7 kilometrów na północ od Caol Ila działa Bunnahabhain – druga największa gorzelnia na Islay, produkująca najłagodniejszą whisky na wyspie. Nazwa zakładu pochodzi od celtyckiego "Bun na h-Abhainn" – co oznacza „ujście rzeki”. Destylarnia została założona w tym samym roku co Bruichladdich (1881), a więc dużo później niż najstarsze na wyspie: Bowmore, Laphroaig, Lagavulin oraz Ardbeg. Inicjatorami budowy zakładu byli lokalni farmerzy bracia Greenlees, szukający sposobu na zwiększenie zysków z uprawianego przez nich jęczmienia. Okazja ku temu była znakomita, ponieważ rynek whisky pod koniec XIX wieku przeżywał prawdziwy boom.
Budowę zakładu rozpoczęto w całkowitym pustkowiu przy ujściu rzeki Margadale na brzegu cieśniny „Sound of Islay”. Mimo wielu trudności, związanych głównie z koniecznością transportu materiałów budowlanych drogą morską oraz zniszczeniem prawie już postawionych budynków przez sztorm, prace ukończono w 1883 roku.
Kiedy okazało się, że uruchomienie produkcji zaczęło przynosić pierwsze zyski, wokół zakładu zaczęło powstawać miasteczko. W 1887 roku Bunnahabhain połączył się z destylarnią Glenrothes tworząc spółkę Highland Distillers. 76 lat później gorzelnię rozbudowano, zwiększając liczbę alembików z dwóch do czterech.
Kolejna zmiana w strukturze własnościowej Bunnahabhain miała miejsce dopiero w 1999 roku, kiedy Highland Distillers została przejęta przez Edrington Group. Wtedy też destylarnia została czasowo zamknięta. Cztery lata później gorzelnię sprzedano firmie Burn Stewart Distillers – właścicielowi zakładów Deanston (Highland) oraz Tobermory (Isle of Mull). W 2013 roku udziały w Burn Stewart kupiła południowoafrykańska grupa Distell.
Przez bardzo długi czas destylat z Bunnahabhain wykorzystywany był wyłącznie do produkcji blendów, dopiero w latach 70. zaczęto destylować whisky na potrzeby single malt.
Obecnie jedynymi torfowymi whisky produkowanymi przez Bunnahabhain są dostępna od 2008 roku wersja Toiteach oraz limitowana edycja Ceòbanach dostępna od roku 2014.